Presaditev kostnega mozga oziroma krvotvornih matičnih celic (KMC) prihaja v poštev predvsem pri zdravljenju malignih ter nekaterih nemalignih bolezni kostnega mozga in drugih krvotvornih organov (levkemija, mielodisplastični sindromi, diseminirani plazmocitom, maligni limfomi, huda oblika aplastične anemije). S presaditvijo KMC lahko zdravimo tudi določene solidne novotvorbe ter nekatere podedovane in avtoimunske bolezni. Takšen način zdravljenja naštetih bolezni pa je tudi edini, s katerim lahko večino le-teh v celoti ozdravimo oziroma bolnikom omogočimo začetek dobesedno novega življenja.
Od vrste bolezni je tudi odvisno, ali bomo pri bolniku opravili presaditev krvotvornih matičnih celic druge osebe (alogenska presaditev) ali pa njegovih lastnih (avtologna presaditev). Pri alogenski presaditvi je darovalec lahko ožji sorodnik; v tem primeru govorimo o sorodni alogenski presaditvi. Kadar pa takšnega darovalca med družinskimi člani ne najdemo, prihaja v poštev presaditev KMC, ki jih daruje nesorodnik (nesorodna alogenska presaditev). Kot smo že omenili, pa je zaradi izjemne raznolikosti oziroma številnih različic podedovanih antigenov HLA ter njihovih kombinacij verjetnost za to, da bomo med nesorodnimi osebami našli takšno, ki bo primerna kot darovalec KMC za določenega bolnika, razmeroma majhna. Darovalec se mora namreč v antigenih HLA ujemati z bolnikom, kar pomeni, da morajo biti izsledki tipizacij preiskovanih genskih zapisov za antigene HLA pri obeh enaki, kot da bi primerjali med seboj izvide dveh enojajčnih dvojčkov.
